Als englischer König bestimmte Karl auch die anglikanische Staatskirche. Der Respekt vor den Geistlichen übertrug sich auf den König und umgekehrt, die Kirche unterstützte Karl ideologisch (Karl und die Kirche als geistliche Eltern jedes Bürgers). Allerdings gab es starke Widerstände gegen die arminianische Umwandlung im Volk: 1628 wurde vom Parlament ein impeachment-Verfahren gegen Roger Manwaring eingeleitet. Die Durchsetzung des Proto-Arminianers William Lauds ab 1633 schürte die Angst vor einer Verschwörung von Kirche und Staat gegen die Freiheit der englischen Bürger. Laud rückte von der Prädestinationslehre ab und verkündete die Gnade Gottes auch für reuige Sünder als neues Dogma der Staatskirche. Nach Ansicht der Puritaner und Anglikaner gab es seit dem Sündenfall keinen freien Willen mehr, eine Position, der Laud energisch widersprach. Diese Kursänderung und die erneute Einführung katholischer Riten (Weihrauch, Chorhemden, erhöhte Altäre) trieb viele Calvinisten aus der anglikanischen Kirche in die puritanische Opposition.Die Vorstellung Lauds von der göttlichen Gnade, der Bedeutung der Sakramente und des Altars sowie von der Mittlerrolle der Kirche stand den calvinistischen Ansichten (Prädestination, individuelle Beziehung zu Gott, Gleichheit der Gläubigen) diametral gegenüber und lief auch dem ursprünglichen anglikanischen Kurs entgegen.
Karl stimmte Lauds Reformen zu, obwohl sie offensichtlich gefährlich waren, denn beide dachten streng hierarchisch. Im Prinzip hätte auch die stärkere Betonung des Gehorsams und die Verbreitung einer sakralen Königsvorstellung der Krone genutzt, aber die Reform gegen die Volksmeinung war nicht durchzusetzen, auch gemäßigte Anglikaner forderten Protest. Besonders die Betonung der Überlegenheit der Kleriker (Gottesgnadentum der Bischöfe) und die Entfernung der Priesterstellen aus Laienhand erhöhte das Mißtrauen. Der einzige populäre Schritt Karls war die Neuauflage des book of sports seines Vaters Jakob 1633, in dem bestimmte Vergnügen am Sonntag entgegen der puritanischen Linie erlaubt wurden. Zur Durchsetzung seiner Maßnahmen schuf Laud den court of high commission zur Verfolgung von Unmoral und Häresie, ein kirchliches Gericht, das auch das Ansehen der Priester im Volk schützen sollte. Neben diesem Gericht, das allerdings nur Geldstrafen verhängen konnte, gab es die star chamber, ein königliches Gericht, das bald zum Instrument des Terrors wurde. Die Kammer war zunächst beliebt, weil sie nicht nach Präzedenzfällen, sondern nach Billigkeit urteilte. Allerdings war sie stark von der Krone (oder von Laud) beeinflußt, so daß 1637 die Landadeligen John Bastwick, Henry Burton und William Prynne wegen Schriften gegen die Bischöfe empfindliche Körperstrafen (Abhacken der Ohren) erhielten. In der öffentlichen Verhandlung waren alle Zuschauer für die Angeklagten.
Star chamber und court of high commission wurden gezielt zur Verfolgung Andersgläubiger eingesetzt, wobei die ständigen Verschwörungstheorien immer neue Prozesse verursachten. Weil es seit 1629 kein Parlament gab, konnte niemand Einspruch erheben. Die Repressionspolitik hatte drei Folgen:
Der negative Eindruck wurde durch den königlichen Hof verstärkt: viele Adelige konvertierten zum katholischen Glauben, die katholische Ehefrau Karls hatte großen Einfluß. Zwar waren die Befürchtungen unbegründet und Karl erwog nie eine Konvertierung, aber er suchte diesen Eindruck auch nicht zu zerstreuen.