Der Verlust der Machtmittel bis 1640 wurde im wesentlichen durch die Religionspolitik verursacht. Nach der Umgestaltung der anglikanischen Staatskirche in England selbst wollte William Laud nun auch in Schottland, dessen König Karl seit 1633 war, seine Reformen durchführen. Die schottische Kirche war pesbyterianisch geprägt: in ihrem System wählten die Gemeinden ihre Ältesten (Presbyter), die dann die höheren Ränge wählten. Lauds hierarchische Struktur war hier noch schwieriger durchzusetzen, hinzu kam die grundsätzliche schottische Abneigung gegen England. Die Geistlichen weigerten sich aus gutem Grund, die neuen Riten zu beachten, ein Versuch in Edinburgh führte zu einem Aufstand. Karl forderte in grenzenloser Selbstüberschätzung den Gehorsam ein, worauf ein Drittel der schottischen Geistlichen einen Bund (covenant) zum Schutz seiner Kirche (nicht gegen die Person des Königs gerichtet) schloß, dem fast jeder Schotte beitrat. Der König betrachtete diese Bewegung als Rebellion, die er militärisch niederschlagen wollte. Für einen Krieg hatte er aber keine Mittel.
Zu diesem Zeitpunkt befanden sich die Mutter seiner Ehefrau, Katharina von Medici, und mehrere päpstliche Legaten an Karls Hof, und der designierte Oberbefehlshaber im schottischen Krieg fuhr in der päpstlichen Kutsche durch London, was die Angst vor einem popish plot in der Bevölkerung verstärkte. Deshalb sammelten die Adeligen, die aufgerufen waren, ein Heer aufzustellen, keine oder sehr wenig Truppen, die außerdem schlecht ausgerüstet und unmotiviert waren. Der Earl of Arundel, der den Oberbefehl erhielt, bekam diese Aufgabe nicht aufgrund seiner Befähigung, sondern wegen seiner Stellung als ältester Aristokrat am Hof. Auf dem Weg nach Schottland zerstörten die Truppen Kirchengut und desertierten, so daß es nicht zu einem Krieg kam. Mit dem Vertrag von Berwick am 18. Juni 1639 endete der 1. Bischofskrieg mit Karls Niederlage. Noch im selben Monat wollte er einen zweiten Versuch machen, konnte aber nun, nachdem die potentiellen Geldgeber in London seine Machtlosigkeit erkannt hatten, weder durch Drohungen noch mit Versprechungen Geld bekommen. Viele Adelige waren seinem Aufruf zum Feldzug nicht gefolgt, die übrigen hatten sich auf dem Weg nach Schottland austauschen können und formulierten ihre Kritik. Ende 1639 brach die gesamte Verwaltung zusammen und die Adeligen verweigerten den Gehorsam.