Die restituierte Monarchie erforderte eigentlich keinen geschickten König, sie war durch die Diskreditierung der Republik bis auf weiteres unumstritten. Außer der verhaßten Prärogativjustiz wurden sämtliche Elemente des alten Systems übernommen, sogar die Zolleinnahmen wurden der Krone dauerhaft zugesprochen. Im Normalfall wären also die Finanzen geregelt gewesen, wenn man nicht wie Karl II. hemmungslos Gelder verschwendet hätte oder Krieg führen wollte. Denn für ein stehendes Heer sollte der Etat des Königs ausdrücklich nicht ausreichen. Politisch herrschte ebenfalls Eintracht, weil im Schwange der Begeisterung ein ausgesprochen konservatives Tory–Parlament gewählt worden war. Nur die Religionsfrage blieb ungeklärt. In den Zeiten der Revolution hatten sich die Sekten an ihre religiöse „Freiheit“ gewöhnt, nun forderten die Abgeordneten eine Erneuerung der anglikanischen Staatskirche, Ausschluß aller dissenter (auch der Presbyterianer, die in Schottland immerhin die Staatskirche bildeten) und allgemeine Zahlung des Kirchenzehnts. Mehrere diskriminierende Gesetze gegen dissenter führten zur Entfremdung großer Schichten vom neuen Regime und zum ersten Konflikt mit dem König: Karl wollte zumindest den friedlichen Sekten die Religionsausübung erlauben, das Parlament war dagegen.
1678 erzwang es Karls Zustimmung zu den test acts, nach denen alle königlichen Amtsträger praktizierende Anglikaner sein mußten. Der Rücktritt Jakobs, Karls Bruder und Thronfolger, als Lordadmiral war die Folge. Nach kurzer Zeit stellte sich heraus, daß Jakob Katholik war – reflexartig wurden Erinnerungen an Maria die Blutige wach. Ein Katholik als supreme head der Kirche war undenkbar, obwohl Jakob in erster Ehe mit einer Protestantin verheiratet gewesen war und aus dieser Ehe zwei protestantische Töchter hatte, die ihm auf den Thron nachfolgen würden. Trotzdem fürchtete man während Jakobs Regierung den Umsturz des freien England, Mord und Totschlag. Hinzu kam, daß die zwielichtige Figur Titus Oates 1679 behauptete, einen popish plot aufgedeckt zu haben. Gleichzeitig mußte Karl aus finanziellen Gründen ein Parlament einberufen, das sofort den Ausschluß Jakobs von der Thronfolge beschloß (exclusion parlaments). Karl reagierte mit Auflösung, aber auch die folgenden Parlamente erneuerten die Forderung. Die zweite exclusion bill vom November 1680 sah vor, Jakobn als gestorben zu betrachten, ihn ins Exil zu verbannen und bei Betreten der britischen Inseln zum Hochverräter zu erklären. Gegen diesen Eingriff in die Thronfolge opponierte Karl massiv, so daß die Stimmung wieder in die Nähe eines Bürgerkriegs geriet. Allerdings gelang es dem König, bis zu seinem Tod 1685 die Bewegung gegen Jakob mit repressiven Maßnahmen zu unterdrücken.
Ein Glücksfall für Karl war der rye house plot, eine Verschwörung gegen sein Leben, der er durch Zufall entging. Die direkte Bedrohung des königlichen Lebens führte zu einem Stimmungsumschwung gegen die Whigs. Daraufhin begann der König mit der Verfolgung seiner Feinde und ließ sie wegen aller möglichen Vergehen anklagen. Nachdem sie von den Geschworenengerichten zunächst freigesprochen worden waren, versuchte er auf Umwegen, die Zusammensetzung der Geschworenen zu beeinflussen. Englische Städte hatten Freibriefe (quo warranto charters), die ihnen bestimmte Rechte gaben und die teilweise noch aus dem 11. Jahrhundert stammten. Jeder Verstoß gegen die Bestimmungen der charter gab dem König das Recht, sie aufzuheben. Weil sich in mehreren Jahrhunderten natürlich einiges in den Städten geändert hatte, ließ sich fast immer ein Verstoß finden und eine neue charter erlassen, die dem König das Recht zugestand, die städtischen Magistrate zu bestätigen. Weil aber die Magistrate auch die Geschworenen auswählten, konnte er so indirekt das ganze System mit Tories besetzen, die natürlich sofort mit der Verfolgung ihrer politischen Gegner begannen. Nachdem die Whigs auf diese Weise ausgeschaltete worden waren, erlitt Karl II. im Januar 1685 einen Schlaganfall und starb einen Monat später.