Die Erneuerung der charters durch Karl II. hatte auch Auswirkungen auf die Parlamentswahl, weil nicht wie vorher alle Hausbesitzer, sondern nur noch die vom König zu bestätigenden städtischen Beamten die Abgeordneten wählen sollten. So fand Jakob bei seiner Thronbesteigung ein reines Tory–Parlament (nur 57 Whigs bei 500 Parlamentariern) vor, das noch dazu die passive obedience propagierte: selbst wenn ein königlicher Befehl offensichtlich gegen göttliches Recht verstoße, habe ein Untertan nur das Recht, nichts zu tun und die Strafe für die Weigerung zu akzeptieren – ein Freibrief für absolute Herrschaft. Vor seinem Kronrat (privy council) und dem Parlament gab Jakob zu, einen despotischen Ruf zu haben (den hatte er tatsächlich), versprach aber, sich an die Gesetze zu halten und das bestehende System wie auch die Kirche zu schützen. Im diplomatischen Austausch mit Frankreich äußerte er sich allerdings ganz anders und sprach davon, daß er das Parlament nicht brauche.
Viele Historiker werfen dem ersten Parlament Jakobs vor, zu permissiv gewesen zu sein und den König mit zu großen Machtmitteln ausgestattet zu haben. Tatsächlich wurde Jakob nur der übliche Etat bewilligt (wobei die 2.000.000 £ Altschulden Karl II. noch zu begleichen waren) sowie 700.000 £ für die Niederschlagung eines Aufstands in Schottland, den der beliebteste illegitime Sohn Karl II. angezettelt hatte. Womit niemand hatte rechnen können, war die enorme Zunahme des Außenhandels mit den Kolonien – d.h. der Zolleinnahmen des Königs – und die Sparsamkeit Jakobs. Als erster Stuart–König lebte er nicht über seine Verhältnisse, sondern verwandte das Geld darauf, ein stehendes Heer aufzubauen, in dem Ende 1685 schon 20.000 Soldaten dienten. Trotz dieser bedrohlichen Anzeichen war die Situation objektiv nicht schlecht: Das Parlament war folgsam, die Finanzen ausgeglichen, es gab wenig dissenter und der Katholizismus Jakob II. schien harmlos.
Jakob II. selbst sorgte für Unruhe, indem er sein Dispensrecht für Katholiken einsetzte. Er befreite einzelne Männer von der Befolgung der test acts, um sie in der Stadtverwaltung, am Hof und in seiner Armee unterzubringen. Dieses Vorgehen erzeugte die Schreckensvision eines katholischen Heeres, so daß es 1686 zu einem Musterprozeß kam: Der katholische Offizier Hales wurde von seinem protestantischen Kutscher Godden angeklagt, sein Amt unrechtmäßig zu bekleiden. Durch sorgfältige Auswahl der Richter kam es zu einer Entscheidung für das königliche Dispensrecht – sogar mit dem Zusatz, alle Gesetze seien „vom König“ und er könne deshalb jedes aufheben. Nach diesem Urteil war natürlich die Bahn frei für eine unbeschränkte prokatholische Personalpolitik Jakob II. Bald waren die Schlüsselpositionen in Kronrat, Heer und am Hof mit Katholiken besetzt. Auch auf einem weiteren Feld konnte sich der König zunächst durchsetzen: Die strikt anglikanischen Universitäten dienten als „Ausbildungsstätte“ (die meist nach wenigen Semestern ohne Prüfung verlassen wurde) der politischen Elite und dadurch auch als wichtiger Multiplikator religiöser Ansichten. Die Lehrkörper mit Katholiken zu besetzen war deshalb zwar politisch klug, gleichzeitig aber auch sehr problematisch, der König den Widerstand der gebildeten fellows (Professoren) brechen mußte. Das übliche Verfahren war eine Amtsenthebung, sobald sich ein fellow weigerte, einem Katholiken die Magisterurkunde zu verleihen. Trotzdem hielt sich die Empörung in Grenzen, größeren Widerhall fand erst die Entlassung sämtlicher fellows des Magdalen College in Oxford, nachdem die Professoren sich dem ausdrücklichen Befehl Jakob II., einen Katholiken zum Nachfolger des gestorbenen Rektors zu wählen, verweigert hatten. Weil Ämter allgemein als Eigentum der Inahber betrachtet wurden, wurde das Vorgehen Jakobs auch von königstreuen Tories extrem mißbilligt – auch unabhängig vom religiösen Hintergrund.
Doch solange nur Einzelpersonen betroffen waren, war die Stimmung in der Bevölkerung ruhig. Erst die Abwendung des Königs von den anglikanischen Tories – mit denen keine prokatholische Politik zu machen war – ab 1687 brachte die Wende. Statt wie bisher mit dem Parlament zu kooperieren, verbündete sich Jakob II. nun mit den protestantischen dissentern. Aus religiöser Sicht war das vollkommen sinnlos, und auch politisch konnten die politisch und sozial machtlosen dissenter den König kaum mehr unterstützen als die Katholiken. Trotzdem griff Jakob II. zu ihren Gunsten in die Lokalpolitik und die Parlamentswahlen ein: Statt der Tories, die ihre Ämter seinem Bruder Karl II. verdankten, brachte Jakob II. nun seine neuen Verbündeten in einflußreiche Positionen, in den Städten nach dem schon erprobten charter-Verfahren, in den Landkreisen durch eine Befragung der Friedensrichter, ob sie die königliche prokatholische Politik unterstützten – wer sich weigerte, wurde entlassen. Auf diese Weise verloren 75% von 2000 Richtern ihr Amt an dissenter oder Katholiken. Während die Tory-Richter normalerweise einen hohen sozialen Status als Patrone hatten und allgemein respektiert wurden, kamen ihre Nachfolger meist aus der niederen gentry, wenn nicht gar aus dem Bürgerstand. Das Ziel des Königs war klar: Ein demnächst einzuberufendes Parlament würde katholisch und dissenter-dominiert sein und seine Politik unterstützen.
Der Höhepunkt war schließlich die zweite declaration of indulgence. Während Jakob II. erste Deklaration zur Glaubensfreiheit vom 4. April 1687 noch relativ unbeachtet geblieben war, erregte die zweite (27. April 1688) erhebliches Aufsehen. In ihr wurde zwar der anglikanischen Kirche Schutz versprochen, gleichzeitig aber alle Gesetze gegen Katholiken und dissenter aufgehoben, Gottesdienste allgemein erlaubt und die Eide bei öffentlichen Ämtern abgeschafft. Die Begründung mit dem Abbau von Handelshemmnissen und Einwanderungshürden war zum größten Teil pragmatisch, enthielt allerdings den verhängnisvollen Satz, der König wünsche, daß alle Einwohner seines Gebietes Katholiken seien. Dieser politische Selbstmord war nur mit religiösen Motiven zu erklären, zumal der König auch noch die Verlesung der Deklaration in allen anglikanischen Kirchen forderte und für November ein neues Parlament ankündigte, daß die Vorlage zum Gesetz machen sollte.
Das waren natürlich unglaubliche Zumutungen. Die Macht der anglikanischen Kirche beruhte selbstverständlich auf dem Ausschluß von Abweichlern, nicht auf ihrer Integration, der Katholizimus galt außerdem als Symbol der Armut, seine Wiedereinführung als Tyrannei. Trotz der Doktrin der passive obedience gehorchten deshalb nur 400 von 9000 Kirchen. Der Widerstand bewegte sich noch in konstitutionellen Bahnen, sieben Bischöfe – darunter der Erzbischof von Canterbury – richteten eine Petition an den König und baten ihn, seine Forderung nochmal zu überdenken. Aufrührerisch war nicht diese Bitte, sondern die Begründung, die Deklaration beruhe auf einer unzulässigen Ausweitung des königlichen Dispensrechtes und sei daher illegal. Hinzu kam, daß die Petition Jakob II. erst am 18. Mai zugestellt wurde, obwohl die Verlesung seiner Deklaration bereits am 20. Mai hätte stattfinden sollen. Der König reagierte mit äußerster Härte, erklärte die Petition zur aufrührerischen Schmähschrift (seditious libel) und ließ die Bischöfe in den Tower sperren. Die Kaution wurde nach einer Woche von einer Gruppe von Adeligen gestellt. Der ganze Fall bekam eine Signalwirkung: Nicht nur einige Anglikaner, sondern selbst Bischöfe leisteten – wenn auch passiven – Widerstand. Die königlichen Richter im folgenden Prozeß waren natürlich auf Jakob II. Seite, aber die Geschworenen ließen sich nicht beeinflußen – Freispruch. Im ganzen Land wurden wegen dieses Sieges der Freiheit Freudenfeuer entzündet. Mit diesem Urteil war ein Präzendenzfall geschaffen. Jakob II. hatte zwar nicht juristisch verloren – für seine Position sprachen ebenfalls gute Argumente – aber politisch war sein Recht zu gebieten eingeschränkt worden.
Die Freude bei den Anglikanern blieb nicht ungetrübt, denn am 10. Juni 1688 gebar Jakob II. katholische Frau, Maria von Modena, einen gesunden Jungen. Bis zu diesem Zeitpunkt – Maria hatte mehrere Fehlgeburten erlitten – waren die protestantischen Töchter aus Jakob II. erster Ehe mit Anne Hyde seine einzigen Erben gewesen, nun drohte sich doch eine katholische Dynastie zu etablieren. Natürlich wurde das Kind von anglikanischer Seite sofort für illegitim und untergeschoben erklärt, man wollte die Katastrophe einfach nicht glauben. Aber da die Geburt ein Staatsereignis gewesen war, konnte der König 70 Zeugen der Geburt beibringen, die am. 22. Oktober schworen, das Kind sei von Maria.
So hatte sich Jakob II. in eine ungünstige Situation manövriert. Seine Religionspolitik hatte alle guten Anglikaner verärgert, seine Personalpolitik die bisherigen mächtigen Amtsinhaber und sein autokratischer Führungsstil die gesamte politische Klasse. Obwohl er aber seine Getreuen verstoßen, die lokalen Eliten entfremdet und eine nur machtlose Gefolgschaft von dissentern und Katholiken zur Verfügung hatte, drohte keine Revolution. Zum einen waren die anglikanischen Tories ideologisch nicht zum Widerstand in der Lage (passive obedience), zum anderen waren die Erinnerungen an die schlimme Zeit der Bürgerkriege noch zu frisch. Der wichtigste Punkt war das königliche Heer und das Jakob II. ergebene Parlament – niemand hatte in England die Machtmittel, eine Revolution gegen den König zu initiieren. Die einzige Chance war eine Invasion.