John Pym bestimmte die erste Phase der Revolution, suchte aber trotz aller radikalen Forderungen noch eine Einigung mit der Krone. Mit seinem Tod 1643 begann eine neue Strömung. Im Parlament hatte es zunächst keine Opposition gegeben, alle Beschlüsse waren nahezu einstimmig gefaßt worden. Das gemeinsame Ziel war ein „Sicherheitsradikalismus“ gewesen, eine radikale Änderung der Verfassung, um einen alten Zustand zu sichern. Pym (und mit ihm viele andere Abgeordnete) vermutete mehrere Komplotte der königlichen Armee und der Papisten, was als zusätzliches einigendes Band wirkte. Eien erneute königliche Tyrannei sollte verhindert werden.
Bis zum Mai 1641 stand Karl völlig allein, dann begann sich ein Teil des Parlaments von den radikalen Forderungen abzusetzen und suchte die Verständigung mit dem König. Ursache waren die religiösen Differenzen zwischen Puritanern und Calvinisten über die Form der neuen Staatsreligion. Obwohl das Parlament versucht hatte, diesen brisnaten Punkt zu meiden, wurde es durch die root & branch petition vom 11. Dezember 1640, in der 15.000 Londoner Bürger die Abschaffung des Episkopats forderten, unter Druck gesetzt. Zwar war eine Mehrheit der Abgeordneten für eine gemäßigte Form des Episkopats (vor allem angesichts der vielen Bischöfe im Oberhaus, das den Gesetzen zustimmen mußte), aber die Bevölkerung war weitaus radikaler und beeinflußte die Haltung einiger Parlamentarier. Andere fürchteten bei weiteren Zugeständnissen an den Pöbel eine Anarchie. In dieser Situation verhielt sich Karl erstmals geschickt und versprach, alle Forderungen eines loyalen Parlaments zu unterschreiben, womit er einige Abgeordnete auf seine Seite zog.
Zu seinem Unglück wurde im August 1641 bekannt, daß er schon im Juni eine militärische Aktion gegen das Parlament geplant hatte. Die Fornt gegen den König wurde wieder geschlossener, auf eine Reise nach Schottland (im Anschluß an einen Friedensvertrag) begleiteten ihn 10 parlamentarische Beobachter. Karl wurde verdächtigt, an einem Komplott gegen die schottischen Adeligen Argyll und Hamilton geteiligt zu sein, was die Stimmung weiter anheizte. Im August 1641 legte das Parlament ein Gesetz vor, die Bischöfe aus dem Oberhaus zu entfernen.
Alleridngs begann im November 1641 eine Revolte in Irland und brachte das Parlament in eine schwierige Lage: einerseits war der Kampf gegen die katholischen Iren oberstes Gebot, andererseits konnte man diesem König keine Truppen anvertrauen. Außerdem behaupteten die katholischen Iren, auf Anweisung des Königs zu kämpfen, was das Parlament nur zu gern glaubte, denn der brutale Kampf in Irland schürte die Angst vor einem popish plot, der auf England überspringen könnte. Am 5. November verabschiedeten die Abgeordneten eine Resolution, in der Karl aufgefordert wurde, seine schlechten Berater zu entfernen, um den Oberbefehl für eine Armee zu bekommen. Drei Tage später wurden in der Grand Remonstrance 200 Beschwerden aufgelistet, als Grund aller Mißstände wurde eine Verschwörung der Jesuiten oder der Bischöfe angeführt, und man forderte die Abschaffung des Episkopats. Der König sollte angehalten sein, den Willen des Volkes im Parlament zu beachten. Diese Forderung führte endgültig zum Bruch der einheitlichen Opposition, sie wurde mit 159 zu 148 Stimmen angenommen. Der Forderungs- und Beschwerdenkatalog war zur Verbreitung gedacht und sollte dem Parlament die Unterstützung des radikalen Volkes sichern. Der König lehnte ihn wie erwartet am 23. Dezember 1641 ab, während die Stimmung zu seinen Gunsten umschlug. In weiteren Petitionen wurde die Beibehaltung des Episkopats angestrebt, es bildete sich eine Gruppe von Royalisten im Parlament.
Mit Karls Ankündigung der persönlichen Teilnahme am irischen Feldzug wurde allerdings das Mißtrauen der Abgeordneten erneut geweckt. Wegen der vom Parlament bewilligten Steuern, der Agitation der Puritaner und des radikalen Stadtrates (der Karl die Mittel der reichen Londoner Kaufleute verschloß) kam es zu Unruhen in London. Trotzdem gab es noch Unterstützung für den bedrängten König von Seiten der Konservativen, die mit der Manipulation des Mobs, der Abschaffung des Episkopates und der Aufweichung der sozialen Grenzen im revolutionären Drang nicht einverstanden waren. Die gute Position Karls im Winter zerstörte er selbst, indem er nach Anklagen gegen fünf führende Parlamentarier (u.a. Pym und Hampdon) wegen Hochverrats am 5. Januar 1642 mit mehreren hundert Soldaten ins Unterhaus eindrang. Während die Angeklagten schon geflohen waren, stand der König mit seiner Truppe vor dem schweigenden Parlament. Nun war auch die Volksstimmung gegen Karl, so daß er am 10. Januar Whitehall aus Angst um seine Sicherheit verließ.