Mit der Flucht Karls aus London war die reguläre Regierung beendet, das Parlament herrschte allein, wenn auch nicht unumschränkt unterstützt. Am 5. März 1642 ließ es dem König das Kommando über die Miliz absprechen. Den königlichen proclamations mit Gesetzeskraft setzte es parlamentarische ordinances entgegen. Allerdings enthielten seine Beschlüsse immer noch Forderungen an den König und waren nicht völlig von dessen Willen abgekoppelt. So forderten die Abgeordneten in den Nineteen Propositions am 1. Juni 1642 alle Regierungsgeschäfte offenzulegen, die Berater (minister) vom Parlament bewilligen zu lassen, die Erziehung der königlichen Kinder in ihre Hände zu geben und auch die Entscheidung über Heiraten in der Königsfamilie dem Parlament zu überlassen. Diesen sehr radikalen Forderungen gegenüber konnte Karl sich als Hüter der Verfassung und Bewahrer der Tradition stilisieren.
Das Parlament dagegen mußte die Neuerungen als Nicht-Neuerungen verkaufen. In einer Rede vom 26. Juli 1642 griff Pym die Theorie von den zwei Körpern des Königs auf: einen menschlichen, vergänglichen, der auch negativ beeinflußt werden kann, und einen politischen, bleibenden, der nur das Beste seines Volkes will und anstrebt. Der Hochverrat sei immer gegen den König gerichtet, aber der Hochverrat gegen den politischen Körper des Königs, also gegen das Königreich, sei schlimmer als der gegen die königliche Person. Das Königreich aber werde vom Parlament besser verkörpert als der von bösen Beratern fehlgeleitete König selbst. Die Resolution gegen den König wurde mit einer Gefahr für das Königreich durch den verblendeten König gerechtfertigt.
Am 12. Juli 1642 begann das Parlament mit der Aufstellung einer Armee unter dem Earl of Essex und Manchester gegen den König. Ideologisch war ein solcher Kampf eigentlich unmöglich und konnte nicht gerechtfertigt werden, faktisch war er aber unumgänglich, denn Karl rüstete ebenfalls auf. Daher wurde einerseits die Sicherheit der königliche Person, andererseits die Freiheit des Parlaments und der Erhalt des Friedens als Kriegsgrund angegeben. Trotzdem herrschte noch großer Widerwille und eine Konkurrenz zwischen den zwei großen Gruppen von Abgeordneten, den Roundheads und den Cavaliers.