Die erste Schlacht zwischen königlichen und parlamentarischen Truppen fand am 23. Oktober 1643 bei Edgehill statt. Auf beiden Seiten gab es große Verluste, wobei Karl einen leichten Vorteil hatte. Er konnte kurz darauf Oxford einnehmen, was er zu seinem Hauptquartier machte. Bei Trunham Green dagegen siegte das Parlament. Insgesamt waren bis 1644 Siege und Niederlagen sehr ausgeglichen: das Parlament hatte die Londoner Fußtruppen (trained bands), die gut ausgebildet waren, der König dagegen die bessere Kavallerie. Der Großteil der Heere bestand allerdings aus Milizen, die nur im eigenen County kämpfen wollten. Die Beteiligung am Krieg war relativ hoch: 1/8 der erwachsenen männlichen Bevölkerung, 150.000 Mann, kämpften. In entlegenen Gebieten gab es die clubmen, die die Werber beider Seiten mit Knüppeln aus ihren Dörfern vertrieben. Die Waffen waren ziemlich uneffektiv, das Pulver wurde im englischen Regen häufig naß. Erst mit der Gründung der New Model Army, einer neuen Armee des Parlaments, änderte sich die Situation: für die Truppe wurden Puritaner gewonnen, die keinen Alkohol tranken, strenge Disziplin hielten und nicht plünderten. Sie kämpften für Gott und blieben nich tin ihrem eigenen County (wie die Milizen), sondern verfolgten ihren Sieg. Auch puritanische Prediger wurden aufgenommen, um die Motivation zu stärken. Zusammen mit der gut ausgebildeten Armee Londons (den trained bands) verfügte das Parlament nun über eine erhebliche professionellere Armee als der König.
Mit der self-denying ordinance wurde die gleichzeitige Mitgliedschaft in Parlament und Heer verboten, wodurch die Peers des Oberhauses als Offiziere ausfielen und Platz für qualifizierte Soldaten aus den unteren Schichten machten. Die neuen Aufstiegsmöglichkeiten im Heer für Bürgerliche waren nicht unproblematisch, weil die traditionelle Führungsrolle des Adels allgemein anerkannt war. Die Beförderung nach Fähigkeit bildete auch den Ausgangspunkt der Karriere Oliver Cromwells, der aus niederem Landadel stammte. Den Oberbefehl hatte zwar noch der Adelige Fairfax, aber Cromwell stand bald unmittelbar hinter ihm. Im Juni 1645 siegte die New Model Army in der Schlacht von Naseby entscheidend, der Ausgang des Krieges war entschieden, Oxford kapitulierte schließlich im Juni 1646. Der König war allerdings geflohen und versuchte, sich mit Intrigen wieder an die Macht zu bringen.