Anfang 1648 begannen in Wales und Kent pro-royalistische Aufstände, als sich die Verhandlungen hinzogen, weil Karl die Partner gegeneinander ausspielte. Die Gründe waren die Ablehnung der parlamentarischen Politik und der Wunsch nach einer stabilen Regierung. Das Parlament war seit seiner Machtübernahme in die Bahnen der vorherigen königlichen Politik eingeschwenkt: es regierte zentralistisch, verhaftete ohne Anklage, erhob ship money, verurteilte Zivilisten anch Kriegsrecht und vergab Ämter (Steuereintreiber und Friedensrichter) an von ihm abhängige niedrige Adelige, wodurch es in Gegensatz zu den alten lokalen Führungsschichten geriet. Der 2. Bürgerkrieg begann, als sich auch die Schotten gegen das Parlament wandten, nachdem Karl ihnen versprochen hatte, das schottische Kirchensystem auch in England einzuführen. Angesichts des gemeinsamen Feindes einigten sich die Abgeordneten, und Cromwell besiegte die Schotten im August 1648 und beendete damit den Krieg. Das Parlament plante gegen den Willen der New Model Army (die ihren Sieg jetzt als vollständig betrachtete) weitere Verhandlungen. Die Armee forderte, Karl solle als Urheber der Unruhen „der Gerechtigkeit zugeführt werden“. Zum ersten Mal wurden nicht schlechte Berater, sondern der König persönlich verantwortlich gemacht. Im Dezember 1648, nachdem sich das Parlament für Verhandlungen entschieden hatte, vertrieb Oberst Pride mit Hilfe von Soldaten über 100 presbyterianische Abgeordnete, so daß ein Rumpfparlament aus Independenten entstand. Eine Volksvertretung in den Händen der Armee war schwierig zu legitimieren, die puritanischen Soldaten glaubten aber, sie als von Gott erwählte Elite seien besser geeignet, das Vok zu vertreten, als eine vom Volk selbst gewählte Institution.
Der König war nun das größte Problem. Ihm war nicht zu trauen, mit ihm zu verhandeln war wegen der Armee unmöglich, für das Volk war er immer noch die höchste Autorität (als politischer Körper). Solange er da war, konnte niemand die Leitung des Staates offiziell übernehmen. Außerdem weigerte sich Karl, der den Radikalisierungsschub im Heer verkannte, als von Gott eingesetzter Monarch mit einer bürgerlichen Armeeführung zu verhandeln. Daraufhin verabschiedete das Unterhaus am 1. Januar 1649 eine Anklage gegen König Karl I. wegen Hochverrates, der das Oberhaus nicht zustimmte. Am 3. Januar wurde ein hoher Gerichtshof unter Ausschluß des Oberhauses für das Verfahren gegen Karl eingerichtet. Am nächsten Tag erklärte das Unterhaus die Volkssouveränität: das Volk wurde zum Ursprung der Macht erklärt und das Unterhaus repräsentiere den Willen des Volkes. Diese Legitimation des Prozesses gegen den König schaffte gleichzeitig ein fundamentales hierarchisches Prinzip ab. Zwei Tage später erklärte das Parlament den Prozeß für rechtens. Vom 20. bis zum 27. Januar wurde Karl wegen Hochverrates zum Tode verurteilt: er habe ein tyrannisches Regime errichten wollen und Krieg gegen das Volk geführt. Viele Mitglieder des Rumpfparlaments hatten sich geweigert, am Gericht teilzunehmen, nur 40 Radikale aus Parlament und Armee nahmen teil, nur 20 unterschrieben das Urteil. Der König hatte das Gericht nicht anerkannt, wurde aber am 30. Januar vor 200.000 fassungslosen Zuschauern hingerichtet. Das Volk erwartete nun die Strafe Gottes.