In England gab es eine enge Verbindung von religiösen und politischen Überzeugungen. Die Religion diente auch als Schubkraft der politischen Radikalisierung. Viele politische Auseinandersetzungen waren sogar rein religiös motiviert.
Die puritanischen Gruppen bezogen sich auf ein Erweckungs- oder Berufungserlebnis, das sie zu saints, von Gott Auserwählten machte, erkennbar durch eine Namensänderung und asketisches Leben. Sie betrachteten sich als religiöse Aufseher der übrigen Bevölkerung. Innerhalb des Puritanismus gab es unterschiedliche Strömungen:
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Die Presbyterianer wollten eine von unten organisierte Staatskirche errichten mit dem Ziel, alle Feinde als Häretiker hinzurichten (Auf Fluchen stand Haft, auf Ehebruch die Todesstrafe).
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Bei den Independenten (Kongregationalisten) stand die einzelne, autonome Gemeinde im Vordergrund. Diese Gruppe war einerseits radikaler als die Presbyterianer, andererseits aber auch tolerant gegenüber anderen protestantischen Gruppen.
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Die Baptisten traten für extreme Gleichheit der Gläubigen ein und waren sehr tolerant: sie betrachteten die Kirche als freiwillige Glaubensgemeinschaft Erwachsener, lehnten die Kindstaufe ab und akzeptierten abweichende Meinungen. Diese Negation des Prinzips der Staatskirche brachte sie in Konflikt mit den Presbyterianern. Andererseits waren auch die Baptisten für feste Glaubensregeln, was ihrem absolut demokratischen Prinzip widersprach, Abweichler wurden ausgeschlossen, um Konsens innerhalb einer Gemeinde zu erhalten.
Ausgeschlossene Gläubige traten oft spiritualistischen Sekten bei, die noch radikaler auf die unmittelbare religiöse Erfahrung setzten und alle Regeln ablehnten: Christus werde anstelle des weltlichen Herrschers in jedem Gläubigen herrschen, jede menschliche Herrschaft oder Regel sei unnötig. Meist ging der Weg von Abweichlern weg von der presbyterianischen Hierarchie zu den Independenten, Baptisten und schließlich zu den Spiritualisten, von den es ebenfalls verschiedene gab:
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Die Seekers (Suchende) bezweifelten die „wahre“ Kirche der Puritaner, gaben aber nicht vor, eine bessere Lösung zu haben. Sie legten nicht die Bibel aus, sondern trafen sich still zum gemeinsamen Gebet. Trotz ihrer absoluten Friedfertigkeit wurden sie von allen Autoritäten als Bedrohung empfunden, weil ihre zweifelnde Haltung jeden religiös begründeten Machtanspruch untergrub.
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Einzelne Prediger (z.B. Abeezer Coppe) bildeten die Grundlage der Ranters (Wüstlinge). Nach der Erweckung wohne Christus in jedem, der Mensch könne daher nicht mehr sündigen, alle seine Taten (auch Mord, Ehebruch, Diebstahl, Sodomie) seien gut. Die Mitglieder trafen sich meist in Kneipen und hielten Orgien als Gottesdienste ab. Obwohl die Sekte durch Verhaftungen nach zwei Jahren zerschlagen war, ruinierte sie mit ihrer Ablehung jeder Moral das Ansehen der anderen Spiritualisten.
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Die Quäker (benannt nach ihrem störenden Geschrei in fremden Gottesdiensten, Eigenbezeichnung friends oder children of light) glaubten ebenfalls an Christus in jedem Menschen. Sie zahlten keine Steuern, duzten jeden, liefen als Zeichen nackt durch die Straßen und versuchten anfangs, ihre Ideen auch militärisch durchzusetzen. Nach der Resaturation änderten sie ihre Richtung zu Friedfertigkeit und Ruhe.
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Die Fifth Monarchy Men (benannt nach einer Prophezeiung der Bibel über ein fünftes Königreich des Herrn) wollten die paradiesische Vollkommenheit der Gottesherrschaft durch Auslöschung der weltlichen Autorität herbeiführen.
Obwohl die Sekten immer verfolgt wurden, war die Auslegung der Staatskirche unter Cromwell erheblich weiter: auch Presbyterianer, Baptisten und Konventionalisten wurden toleriert. Während Cromwell aus Machtgründen auf Toleranz drängt, war das Parlament aus ideologischen Erwägungen dagegen.
Die meisten Menschen erwarteten angesichts der Ereignisse ein neues Königreich und Zeitalter, in dem Christus herrsche. Die Puritaner glaubten, sie könnten die Herrschaft Gottes durch Vernichtung und Verfolgung aller antichristlichen (bzw. abweichlerischen) Bewegungen erreichen. Deshalb wurden strenge religiöse Regeln als Gesetze vom Parlament erlassen. Das wöchentliche Fasten z.B. sollte als Buße für die Sünden der Vorfahren dienen.