1649 waren viele Ziele des Parlaments erreicht: der König war ausgeschaltet bzw. hingerichtet, die Leveller hatten ihren Einfluß verloren, die Digger waren vernichtet. Andererseits hatte außer den Levellern und den Diggern niemand wirklich eine Republik gewollt, so daß der neue Staat in weiten Teilen der Bevölkerung abgelehnt wurde. Im Frühjahr 1649 war auch das Parlament, nachdem der Druck der Armee nachgelassen hatte, wieder viel konservativer geworden. Die weiteren Ereignisse verliefen deshalb sehr zögerlich: zwei Wochen nach der Hinrichtung wurde ein Staatsrat als provisorische Regierung eingesetzt, am 17. März 1649 verabschiedete das Parlament ein Gesetz zur Abschaffung des Königtums, zwei Tage später auch des Oberhauses. Erst am 19. Mai 1649 wurde England offiziell zum Commonwealth, zur Republik erklärt.
Die Schotten, die die Entwicklung völlig ablehnten, begannen einen neuen Bürgerkrieg unter dem Earl of Montrose m,it der Ziel der Einsetzung von Karls Sohn als neuem König. Nach einer Niederlage gegen die New Model Army wurde Karl Feldheer des schottischen Heeres, mußte sich aber Cromwell, der mit 16.000 Soldaten nach Schottland marschiert war, nach den Schlachten von Dunbar und Worcester geschlagen geben. Es gelang ihm, mit Hilfe der königstreuen Katholiken von Schottland bis an die Südküste Englands und auf en Kontinent zu fliehen, obwohl ein hohes Kopfgeld ausgesetzt war.
Die Restauration konnte also militärisch nicht durchgesetzt werden, weil die New Model Army unter Cromwell zu stark war. Andererseits war der Commonwealth im Volk so unbeliebt, daß der Abgeordnete Henry Vane im April 1650 meinte, das Königreich (!) würde bei erster Gelegenheit aufstehen und ihnen die Kehle durchschneiden. Um den innenpolitischen Druck abzufangen, wurde die Armee in äußeren Kriegen (Irland, Schottland) geschult. Der Krieg in Irland wurde auf beiden Seiten mit äußerster Brutalität geführt, Drogheda und Wexford, zwei belagerte Städte wurden nach ihrer Erstürmung vernichtet. Weil die meisten Städte gut geschützt und die Chancen für eine Erstürmung relativ gering waren, drohte einer Stadt, die nicht kapitulierte, immer die Ermordung der Bevölkerung. Nach solchen Massenabschlachtungen begann die Cromwellsche plantation-Politik: Engländern wurde das konfiszierte Land übergeben. Bis 1650 waren Irland und Schottland unterworfen, 1654 gelang mit dem Act of Union die Vereinigung Schottlands und Englands.
Nach den Erfolgen auf der Insel fand 1653/4 der englisch-holländische Seekrieg statt. Im November 1655 kam es zu einem Bündnis mit Frankreich, von dem man handelspolitische Vorteile erwartete. Karls Kinder, mußten fliehen und irrten über Spanien und das Rheinland nach Holland. Der Versuch, das spanische überseeische Imperium zu erobern, der 1654 mit einer großen Expedition begann, schlug fehl, auch wenn 1655 Jamaica erobert werden konnte. Trotz eines Angriffsvertrages mit Frankreich gegen Spanien im März 1657, konnte außer der dem Sützpunkt Dünkirchen kein durchschlagender Erfolg erzielt werden. Deshalb wurden zurt Finanzierung der teuren Armee die eigenen Kolonien systematisch ausgebeutet: die Navigation Acts vom Oktober 1651 (erneuert 1660 und 1663 als Staple Acts) schrieben vor, daß der Handel mit den Kolonien immer über England zu erfolgen habe, der Transport mit englischen Schiffen und englischer Besatzung. Diese Maßnahmen brachten riesige Gewinne in die Staatskassen.
Trotz der Erfolge gab es immer noch eine große Opposition: die Royalisten und Anglikaner von rechts, die Leveller von links. Ohne demokratische Legitimation regierte das Rumpfparlament (rump) weiter und stellte praktisch den Souverän dar. Dieses Problem wurde gesehen, eine Auflösung war notwendig. Allerdings hätten freie Wahlen eine royalistische Mehrheit gebracht (das Ende der Freiheit), ohne freie Wahlen war aber die Begründung von Freiheit und Recht ad absurdum geführt. Zwar konnte sich das Parlament weiter auf die Armee stützen, aber auch von hier kam Kritik. Die einzigen innenpolitischen Maßnahmen waren die Recusancy Laws (Pflicht zum sonntäglichen Kirchgang) im September 1650 und die Einführung von Englsich als einziger Justizsprache im November 1650. Der Kirchenzehnt sollte dagegen weiter gezahlt werden. Der Kirchenzehnt dagegen wurde entgegen den puritanischen Forderungen weiter bezahlt, weil er in der Tradition verankert war. Diese unschlüssige und kraftlose Haltung schächte das Parlament, wie auch das populäre Buch Eikon Basilike, in dem Karl als Märtyrer dargestellt wurde.
Oliver Cromwell dagegen war unumschränkter Herrscher innerhalb der Armee und konnte sich völlig auf seine Soldaten verlassen. Am 20. April 1653 löste er deshalb das Rumpfparlament gewaltsam auf und berief ein neues, das die für seine Maßnahmen notwendigen Steuern bewilligen sollte. Er selbst nominierte die Kandidaten und wählte nur puritanische saints aus. Das 133 Mitglieder umfassende Unterhaus wurde (in Anlehnung an das vorherige Rumpfparlament) im Volk als barebones (nur Knochen) bezeichnet. In ihm waren im Schnitt etwas niedrigere Schichten als üblich vertreten, es wurde deshalb auch von den konservativen Eliten angegriffen. Die Abgeordneten fühlten sich als Bereiter der Herrschaft Jesu berufen, waren in religiösen Fragen - entsprechend dem Glauben, jeder saint habe die göttliche Wahrheit in sich - kompromißlos und uneinig. Eine Minderheit des Hauses beschloß deshalb die Nutzlosigkeit weiterer Debatten und die Rückgabe aller Macht an Cromwell, der die Mehrheit zur Zustimmung zwang. Das Scheitern einer rein puritanischen Herrschaft ernüchterte viele Gläubige und machte sie mißtrauisch gegenüber den puritanischen Lehren.