Cromwell wußte um die Unbeliebtheit der Republik und verfolgte zur Beruhigung des Volkes eine betont konservative Politik. Das Instrument of Government vom 16. Dezember 1653 bildete die neue Verfassung Englands und Schottlands: der Staat wurde geleitet von einem Lordprotektor (Oliver Cromwell) und bildete mit dem Council aus maximal 21 Mitgliedern (von denen 14 bereits in der Verfassung genannt wurden) die Exekutive. Die Legislative teilte Cromwell sich mit einem alle drei Jahre zu wählenden Parlament, wobei es den Abgeordneten verboten war, die Verfassung zu ändern. Bis zum Zusammentritt des ersten Parlaments hatten Cromwells Verordnungen Gesetzeskraft. Das Heer wurde auf mindestens 30.000 Soldaten festgeschrieben, die Finanzierung der Armee bewilligt und ein Etat von 200.000 £ jährlich im Voraus genehmigt. Das Wahlrecht wurde reformiert: die Wahlkreise angeglichen, die Wahlsitze gleich verteilt (entsprechend der Wahlrechtsreform von 1832) und die Einkommensgrenze für das Wahlrecht von 2 £ jährlich auf 200 £ angehoben. Das Parlament wurde tatsächlich gewählt, hatte aber gegenüber dem allmächtigen Protektor kaum Rechte. Außerdem unterlagen die Abgeordneten einem Paragraphen, der nur Personen „von anerkannter Integrität und Gottesfurcht“ zuließ, so daß Cromwell mißliebige Parlamentarier entfernen konnte.
Der Protektor versuchte, trotz der politischen Umwälzung die soziale Hierarchie zu erhalten: in seiner Eröffnungsrede 1654 bezeichnete er die oberen Schichten als Träger des Staates. Auf religiösem Gebiet übte er dagegen eine relative und unbeliebte Toleranz: außer den Katholiken und Anglikanern (die eine Bischofskirche wollten) wurde den meisten descentern (Abweichlern) Gewissensfreiheit gewährt. Weitere unbeliebte Maßnahmen waren der Ausschluß der Royalisten vom Wahlrecht, die hohen Steuern für das stehende Heer und die Verkleinerung der Rechte des Parlaments. Der Widerstand in Volk und Unterhaus führte zu dessen Auflösung schon am 22. Januar 1655, wenige Monate nach dem Zusammentritt. Bis dahin war kein Gesetz verabschiedet worden, stattdessen hatte das Parlament eine Verfassungsänderung versucht. Ein royalistischer Aufstand und mehrere Leveller-Aufstände leiteten die neue Phase der Repression und Militärdiktatur ein.
Cromwell teilte das Land in 11 Militärdistrikte (ohne Rücksicht auf alte Grafschaften) unter je einem Major-General ein, die durch ihre Brutalität und Effizienz bald verhaßt waren. Ein „heiliges“ Polizeisystem achtete auf die Einhaltung der Sittengesetze. Allerdings endete diese Phase der reinen Gewaltherrschaft schon 1657, denn das neue Parlament war kompromißbereiter, unterstützte den Spanienkrieg und suchte den Protektor von der Armee weg auf seine Seite zu ziehen. Trotz dieser relativ raschen Kursänderung war die Ablehnung im Volk gegen stehende Heere (die immer als Repressionsinstrument dienen konnten) bereits tief verwurzelt. Um die Diktatur weiter zu lockern, wurde Cromwell sogar die Krone angeboten, die er nach einigem Zögern ablehnte. Auch so war seine Stellung königsähnlich: er wurde mit „His Highness“ angesprochen und konnte seinen Nachfolger selbst bestimmen.
Im Mai 1657 akzeptierte Cromwell die konservative Humble Petition & Advice des Parlaments: die Rechte des Councils (nun Privy Council genannt) wurden beschränkt, was den Einfluß der Armee abschwächte, die Gewissensprüfung für Abgeordnete wurde abgeschafft und die religiöse Toleranz eingeschränkt. Eine zweite Kammer (The Other House) wurde eingerichtet, deren Mitglieder der Protektor selbst auf Lebenszeit bestimmen konnte. Das Gegengewicht, das Cromwell in diesem Haus hatte, schränkte allerdings seinen Einfluß im Unterhaus ein, da seine Anhänger von dort ins Other House wechselten. Damit war die traditionelle Dreiteilung (Protektor und zwei Häuser) wiederhergestellt, der Privy Council in seine alte Position gerückt, königliche Hofämter wurden neu belebt, Münzen mit Cromwells Bild geprägt: alles bewegte sich zu den alten Formen zurück. Die Republikaner waren über diese Tendenz erbittert und nannten Cromwell einen Tyrannen. Im Februar 1658 gab es sogar eine Petition zur die Abschaffung des Protektorats. Gerüchte über eine Verschwörung führten dann zur Auflösung des Parlaments. Ein weiteres halbes Jahr herrschte Cromwell noch mit Hilfe des Militärs, bis er am 3. September 1658 starb.
Oliver Cromwell war eine sehr widersprüchliche Figur, er wandelte sich vom Revolutionär der 40er Jahre zum konservativen Diktator der 50er Jahre, er kämpfte als einer der ersten offen gegen den König und nahm später selbst eine königsgleiche Stellung ein. Obwohl er meist mit Hilfe der Armee regierte, wünschte er offenbar eine verfassungsgemäße Regierung und berief das Parlament immer wieder ein. Er benutzte das Heer, um die Freiheit durchzusetzen, stellte dabei aber ein Zehntel der Bevölkerung mit Waffen gegen den Willen von neun Zehnteln. In der New Model Army konnten untere Schichten bis in die höchsten Ränge aufsteigen, das allgemeine Wahlrecht bekämpfte Cromwell dagegen energisch. Offiziell kämpfte er für das Volk, die Freiheit und den Protestantismus (z.B. auch für die Freiheit der Iren in Irland), tatsächlich dienten viele Kriege nur seinem Machterhalt. Diese Kluft zwischen Handlungen und Zielen hat einige Historiker dazu bewogen, Cromwell einen Heuchler zu nennen. Allerdings muß man bedenken, daß er seine ausgesprochenen religiösen Ziele teilweise politischen Zielen unterordnete (z.B. beim Bündnis mit Frankreich) und daß seine politische Radikalität neben seinem sozialen Koservativismus stand. Seine Zerrissenheit spiegelte auch die Situation in England wieder. Als zentrale Gestalt initiierte er die meisten Entwicklungen nach dem Tod König Karls und beherrschte Armee und Parlament, aber in seinem Selbstverständnis als Puritaner handelte er immer im Sinne Gottes und wartete häufig lange auf ein göttliches Zeichen vor einer Entscheidung. Nachdem er sich entschieden hatte, handelte Cromwell konsequent, da er sich im Einklang mit Gott wähnte.