Die Wirren der letzten Jahre, die Unsicherheit und die immer stärker werdende Ablehnung eines stehenden Heeres hatten die Stimmung für Karl II. bereitet, der bei seiner Rückkehr mit Freudenfeuern und Jubel begrüßt wurde. „How foolish of me not to have come long before!“ sagte er angesichts der begeisterten Stimmung - einige Jahre zuvor hatte er unter Lebensgefahr fliehen müssen.
Am 4. April 1660 (d.h. während der Wahlen) verfaßte er in den Niederlanden die Deklaration von Breda, in der er eine generelle Amnestie (außer für vom Parlament zu Verurteilende), freie Religionsausübung (soweit das Parlament dies zuließ), eine Regelung der Besitzfragen (konfiszierte royalistische Güter) durch das Parlament und die Entlohnung bzw Entlassung des Heeres. Mit diesen Versprechungen traf er die richtige Stimmung, so daß er feierlich mit einem Kriegsschiff in Holland abgeholt wurde. Über die Rückkehr zu alten staatlichen Formen eine (Trennung Englands von Irland und Schottland mit eigenen Parlamenten und die Einführung des ursprünglichen Wahlrechtes) bestand Einigkeit, strittig waren die Aufarbeitung der Folgen des Bürgerkrieges, die Frage der Religion und die künftige Form der Monarchie. Zwar hatte Karl II. die Entlassung des verhaßten stehenden Heeres versprochen, aber für die Soldauszahlung fehlten die Mittel und die ausgemusterten Soldaten hätten den Arbeitsmarkt belastet. Auch die angekündigte (begrenzte) Religionsfreiheit war relativ unscharf und ließ außerdem die Frage nach der Form einer wieder einzuführenden Staatskirche (comprehension question) offen. Am wichtigsten war natürlich die Frage der Rechte des Königs: welche Funktionen sollte das Parlament behalten, wer sollte über die Finanzen bestimmen? Sollte es eine rein repräsentative Monarchie oder ein starkes Königtum geben? Bei Karl II. Rückkehr war alles offen und die Begeisterung im Volk über das Ende der repressiven puritanischen Herrschaft trug nicht weit.
Zunächst wurden Neuwahlen angesetzt: im sogenannten Cavaliers Parlament vom März 1661 stellten anglikanische Royalisten 2⁄3 der Abgeordneten, Presbyterianer 1⁄3. Die Gegner des Königs erhielten - wie versprochen - mit der Bill of Indemnity & Oblivion bei Bekenntnis zum König eine generelle Amnestie (abgesehen von den Unterzeichnern des Todesurteils gegen Karl I., von denen noch 10 lebten). Allerdings sollte zukünftiger Hochverrat (Act of Attainder) mit dem Tod bestraft werden. Die Armee wurde größtenteils entlassen und im Prinzip auch ausgezahlt und erhielt Straffreiheit für Kriegsverbrechen. Kronländer und Ländereien exilierter Roylaisten wurden theoretisch sofort zurückgegeben, tatsächlich erhielten die Vorbesitzer meist eine Entschädigung, so daß nach etwa 10 Jahren alle Ansprüche beglichen waren.
Religionspolitisch strebte Karl II. eine breite und mächtige Staatskirche an, um eine erneute Opposition aus religiösen Gründen zu vermeiden und durch kirchliche Armenfürsorge das Konfliktpotential niedrig zu halten. Das Parlament war (trotz seiner Besetzung mit Royalisten) gegen eine breite Kirche und gegen religiöse Toleranz: gegen die presbyterianischen Abgeordneten beschloß man eine Ausgrenzung der Presbyter und damit eine Rückkehr zur Kirche der 20er Jahre. Auch die Verfolgung von descentern wurde wieder aufgenommen: ein antiroyalistischer Aufstand von etwa 100 Mitgliedern der Fifth Monarchy Men (Venner’s Rising) wurde als Vorwand für die Verhaftung von 4.600 Quäkern genommen. Dieses Modell wiederholte sich in der übrigen Zeit: Aufstände führten zu Massenverhaftungen. Für Baptisten, Quäker und Fifth Monarchy Men wurde ein Versammlungsverbot erlassen, während die Katholikengesetze zwar in Kraft blieben, aber nicht konsequent angewandt wurden.
Eindeutig gegen Karls Willen und den des Earl of Clarendon wurde der Clarendon Code beschlossen. Der Earl of Clarendon war sein Minister Edward Hyde, der Karls Politik zwischen 1660 und 1667 bestimmte. Durch die heimliche Heirat von Karls jüngerem Bruder Jakob mit Hydes Tochter Anna in der Nacht des 3. September 1660 war er zu dessen Schwiegervater geworden. Entsetzt über den Leichtsinn seiner Tochter hatte er dem König zur Enthauptung seiner eigenen Tochter geraten, was dieser aber nach seinem ersten Zorn zurückwies. Die Heirat wurde akzeptiert (immerhin war Anna eine gute Protestantin) und Mr. Hyde stieg zum Earl of Clarendon auf. Von den acht Kindern Annes mit Jakob überlebten nur zwei Töchter, was im Hinblick auf die Kinderlosigkeit der Ehe Karls wichtig war.
Der Clarendon Code bestand auf fünf einzelnen Gesetzen:
Die nächste Frage - Form der erneuerten Monarchie - wurde zunächst gelöst, indem man zur Tagesordnung überging: der Beginn von Karls Herrschaft wurde auf das Datum der Hinrichtung seines Vaters 1649 datiert, die alten Friedensrichter und Verwaltungen wurden wieder eingesetzt. Alle nach 1641 (d.h. ohne die Unterschrift Karl I.) beschlossenen Gesetze wurden für ungültig erklärt. Die königlichen Gerichte (Star Chamber, Court of High Commission und Court of Ward) löste das Parlament dagegen auf, wodurch das Einkommen des Königs aus Geldstrafen und der Ausübung feudaler Rechte reduziert wurde. Allerdings konnte der König auch weiterhin die übrigen Gerichtshöfe beeinflussen. Als Ausgleich für den Verlust feudaler Einnahmen erhielt er die Zölle und eine neue Abgabe auf Alkohol und Öfen zugesprochen. Der Triannial Act, nach dem alle drei Jahre ein Parlament einberufen werden mußte, wurde 1664 faktisch außer Kraft gesetzt, indem der Automatismus der Selbsteinberufung im Falle einer Weigerung des Königs wegfiel. Über seine Berater und Minister sollte Karl selbst entscheiden dürfen, 1661 erhielt er mit den Militia Acts auch den Oberbefehl über die Miliz zurück. Die Außenpolitik, die Gerichtsbarkeit (mit Ausnahme der o.g. königlichen Gerichte) und die tägliche Administration wurden dem Einfluß des Parlaments weitgehend entzogen. Karl sollte ein effizienter Herrscher mit einiger Machtfülle sein, auch wenn er bestimmte Prärogativrechte und feudale Einnahmen abgeben mußte. Dafür war er - in Friedenszeiten - vom Parlament unabhängig und konnte seine Minister frei wählen.